水生生物群落與水環境構成的生態系統稱為水生生態系統，它又可分為淡水生態系統和海洋生態系統。

淡水生態系統是指一定淡水域內所有生物(即生物群落)與該水環境相互作用，并通過物質和能量流共同構成的具有一定結構與功能的統一體。按照這一觀點，小至一個水坑、小溪，大至湖泊、水庫、江河等，都可以看作一個淡水生態系統。一個水生生態系統中生物的種類雖然多樣，數量盡管巨大，但都可按其在生態系統中的功能，歸納為3大類，即生產者、消費者和分解者。水生態系統主要功能是生物生產力、能量流動、物資循環和信息傳遞。 2100433B

水生態系統的功能是保證系統內的物質循環和能量流動，以及通過信息反饋，維持系統相對穩定與發展，并參與生物圈的物質循環。水生態系統對外來的作用力有一定承受能力，如作用力過大，則會失去平衡，系統即遭到破壞。

水生態系統可分為淡水生態系統和海水生態系統。按照現代生物學概念，每個池塘、湖泊、水庫、河流等都是一個水生態系統，均由生物群落與非生物環境兩部分組成。生物群落依其生態功能分為：生產者（浮游植物、水升高等植物），消費者（浮游動物、底棲動物、魚類）和分解者（細菌、真菌）。非生物環境包括陽光、大氣、無機物（碳、氮、磷、水等）和有機物（蛋白質、碳水化合物、脂類、腐殖質等），為生物提供能量、營養物質和生活空間。

水生態系統的研究任務，是闡明系統中的物質循環、能量流動、演替和平衡的規律，為加強水質管理、防治水污染以及合理開發、利用水生物資源提供科學依據。

20世紀50年代，E.P.奧德姆等人系統的發展了生態系統原理，創立了以生態系統為研究單元的生態系統生態學。60年代以來，由于人類活動的影響，水污染日益加劇，水和水生生物資源遭到嚴重破壞，引起了人們對水生態系統的重視。