從上例中，我們可以看出矩陣結構正在受到越來越多的企業青睞，這主要是因為其自身的很多優點所決定的。

在傳統管理學理論中企業的組織架構是基于"直線職能制" 的組織模式，"直線職能制"產生于工業化時代，強調專業化的勞動分工，各個等級嚴格分工，形成一條嚴格的等級指揮鏈，上級依靠權威領導下級，下級不能懷疑上級的決定，基層員工只能按照程序執行任務。高層經過層層授權，形成金字塔形的管理體系。在這樣的組織架構中，執行力非常強大，職能建立也很明確，因此，企業也具有了穩定性、準確性、嚴格性和可靠性等諸多優點。

然而隨著現代技術型企業的崛起，企業內知識型員工不再滿足于重復性工作。在世界級的巨人企業中，層層繁瑣冗長的行政指揮鏈和等級森嚴的職級，弱化了員工之間的協助和資源整合。不同核心業務板塊的分兵作戰又削弱了企業的反應速度。在這樣的情況下"矩陣管理"應運而生，因為它能夠有效提高企業的快速反應機制。但需要說明的是，它決不意味著企業可以完全無序地進行"越級管理"，它僅僅是對"直線職能制"做出的補充和更新。

矩陣式結構的優勢在于它能使人力設備等資源在不同的產品服務之間靈活分配，使得組織能夠適應不斷變化的外界要求。這種結構也給員工提供了獲得職能和一般管理的兩方面技能。在矩陣式組織中，關鍵組織成員的角色定位非常重要，這些關鍵組織成員包括高層領導者、矩陣主管和員工。高層領導者的主要職責是維持職能經理和產品經理之間的權力平衡。這要求高層領導者必須愿意進行決策委托、鼓勵職能經理，而且愿意和產品經理直接接觸，共同解決問題，只有這樣，才有助于信息共享和協調。

雖然矩陣結構受到越來越多的企業青睞，但組織結構的轉變是一個痛苦而又危險的過程。俗話說:"有一利，必有一弊"。不僅矩陣結構本身存在一些缺點，而且這種復雜的組織結構在管理方面也非常具有挑戰性。

其中結構本身的問題主要體現在:一方面，矩陣主管的問題在于如何控制他們的下屬。由于下屬接受兩個主管同時領導，不自覺的員工會利用這個機會鉆空子，造成主管對他的管理真空化。因此，職能和產品主管必須一起工作，解決問題。職能主管主要解決下屬的技術水平問題，而項目主管則具體管理下屬在這個項目上的行為工作結果和績效。但這些活動需要大量的時間、溝通、耐心以及和別人共同工作的技巧，這些都是矩陣管理的一部分。另一方面，員工接受雙重領導，經常會體會到焦慮與壓力。由于員工的兩個直接經理的命令經常會發生沖突，這時雙重主管的員工必須能夠面對產品經理和職能經理的指令，形成一個綜合決策來確定如何分配他的時間。員工們必須和他的兩個主管保持良好關系，要顯示出對這兩個主管的雙重忠誠。

矩陣組織管理模式在管理上的困難主要體現在，基于矩陣組織結構建立的公司，無論是大型跨國公司還是小型跨區域的服務性公司，成功的關鍵在于地區部門和生產、業務部門之間的良好溝通和協調。要求由這兩類部門人員組成的工作團隊能夠在各個矩陣的焦點上密切配合，形成一種良好的內部客戶關系。對最終客戶即外部客戶的產品或服務質量的好壞，取決于在這種矩陣關系下形成的公司內部客戶關系的質量高低。因此，矩陣組織結構的潛在問題是，一旦區域部門和產品或服務部門之間的溝通和協調出現問題或發生斷裂，就會嚴重影響公司的決策，導致無法實現對外部客戶承諾的產品和服務。IBM公司在過去的20年中也根據環境、市場經營戰略的變化對企業的組織結構進行了多次的調整，以適應變化了的經營環境和戰略。矩陣的結果是大家會因為某一件事展開團隊工作，一個團隊從組織結構上來說可能不是一個部門，也可能只是部門中的一部分。一個部門主管所帶領的員工在某一時期可能是來自不同部門，一個員工也可能同時屬于幾個部門。員工處在一個信息交換頻繁的矩陣中。實際上，在多變的經濟社會環境下，企業處于各種復雜的內外部環境、不同行業、不同資源狀況和文化背景下，各類企業的組織結構會復雜得多。處在不同發展時期的企業、不同規模和類型的企業必須選擇符合自己特定條件的組織結構，超前或一成不變，不按企業實際盲目照搬的組織結構都會影響和制約企業健康發展。

這個橫向系統與原來的垂直領導系統就組成了一個矩陣，因此稱矩陣管理。也就是說，矩陣管理中的員工是雙線匯報的模式。其上司有兩個，一個是流程上司，一個是專業上司。流程上司負責你的日常考核，專業上司負責你的晉升和任免。