辦公室:協助局領導組織協調機關日常工作，對各股（室）進行綜合協調，對綜合性的問題組織調查研究，提供決策依據；承辦會議，負責文書檔案、信息、保密、宣傳報道、信訪工作及機關內部規章制度的建立和實施；管理機關行政工作；負責機關、直屬機構、人員編制和人事干部管理（含離退休人員管理），組織實施國家公務員管理；負責專業技術職務的考核評聘等日常工作；主管本系統勞動工資，勞動保護和社會保障工作；承擔局機關的財務工作；負責全縣水利行業財務管理，對水利資金的使用和經營管理進行監督；對水利國有資產的保值、增值進行管理；對基層單位的經濟活動，財務收支及國有資產進行審計監督，行使水利行業審計職能。承辦或協調牽頭辦理縣委、縣政府和有關部門交辦的其它工作；負責全縣水利綜合統計及干部人事統計工作；負責水利系統的黨務日常工作。

工程股:負責全縣水利工程建設的中、長期和近期規劃；農村小（二）型及其以下水利工程建設項目的審批；配合設計單位做好骨干水利工程的前期工作和上報有關立項文件；編報年度水利工程建設和維修配套工程計劃；對批準列項建設項目實行全過程的檢查和驗收；編制工程招標文件和概預算、決算。對全縣農村人畜飲水和鄉鎮供水工程，小型水利工程建設質量實施監督。

水政水保股:負責全縣水資源統一管理和開發利用的審批發證工作；水資源費以及水土流失防治費和水土保持設施補償費征收；并依法處理破壞水利工程設施的案件和水事糾紛；負責水法規的宣傳教育工作；承擔全縣水土保持工作；擬定水土保持規劃，并組織實施；對生產和開發建設項目造成的水土流失進行監督檢查；負責水土保持工程建設工作；負責縣水土保持委員會的日常工作。

灌溉管理股:負責全縣農田水利建設；負責協調縣管水利工程設施的安全運行和日常維護、用水管理、水量調度、水方分配；負責全縣防洪抗旱的指揮、調度、組織搶險、搶險物資的儲備管理、使用和水、旱災害統計；負責全縣水利建設中歷史遺留問題，傷殘人員處理，移民建房處理以及工程遺留問題的處理；修改和完善水利工程管理規章制度；承辦縣抗旱防洪指揮部的日常工作。

灌區工程管理局辦公室:負責祥云大型灌區建設的年度可研、實施方案及有關資料的上報，并組織工程建設，監督建設質量，準備竣工驗收資料；制定灌區建設管理辦法。

祥云縣水利局是縣人民政府的水行政主管部門。主要職能是：貫徹執行國家有關水利工作的方針、政策、法律、法規和規章制度；管理全縣水行政事務；負責對全縣水資源的發展規劃和開發利用的統一管理，水土保持，防洪抗旱，工業用水，城鎮供水，農業灌溉，水利工程建設，質量監督及水產品開發；管理全縣農村水利和人畜飲水以及地表水、地下水的開發利用，水環境保護，水庫安全。

1958年11月，祥云、彌渡、賓川三縣合并稱祥云縣，林業分設為局，水利工作屬農水科主管。1961年2月，分縣后林業、農水合并為農業局，局內設水利股、排灌組。水工隊單設為局下屬機構。1963年12月，根據中央“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針，縣人民委員會決定，農業局改稱農林科，水利工作屬農林科主管，除水利工作隊外，有5個水庫管理所。1966年“文革”開始 ，1967年1月，成立中國人民解放軍祥云縣支左委員會，縣成立生產指揮部，下設農林組，代行農林科職權。1968年10月，成立祥云縣革命委員會，下設生產指揮組，水利工作由生產指揮組內的農林組主管。1970年，經縣革委批準，成立祥云縣農業局革命委員會，水利工作歸農業局革委會主管。1976年 12月，縣委決定，以縣革委（76）311號文件通知，將臨時機構林業、水利兩個辦公室撤銷，農業、林業、水利分設為三個局，祥云縣水利局正式成立，局內股室機構設置未正式批復。1977年，局機關實有干部、職工5人( 其中有專業技術人員2人)。1982年1月，縣人民政府通知，將祥云縣電力公司合并水利局，改稱為祥云縣水利電力局。1983年12月，機構改革后，于1984年2月，縣人民政府決定，將局下屬事業單位自來水公司，劃歸縣城鄉建設環境保護局主管。1996年7月，縣人民政府通知，水利電力局改稱祥云縣水利水電局。2002年機構改革后，改稱祥云縣水利局。