矩陣結(jié)構(gòu)的缺點是：項目負責人的責任大于權(quán)力，因為參加項目的人員都來自不同部門，隸屬關(guān)系仍在原單位，只是為"會戰(zhàn)"而來，所以項目負責人對他們管理困難，沒有足夠的激勵手段與懲治手段，這種人員上的雙重管理是矩陣結(jié)構(gòu)的先天缺陷；由于項目組成人員來自各個職能部門，當任務完成以后，仍要回原單位，因而容易產(chǎn)生臨時觀念，影響工作責任心，對工作有一定影響。

矩陣結(jié)構(gòu)適用于一些重大攻關(guān)項目。企業(yè)可用來完成涉及面廣的、臨時性的、復雜的重大工程項目或管理改革任務。特別適用于以開發(fā)與實驗為主的單位，例如科學研究，尤其是應用性研究單位等。

（1）將企業(yè)的橫向與縱向關(guān)系相結(jié)合，有利于協(xié)作生產(chǎn)。

（2）針對特定的任務進行人員配置有利于發(fā)揮個體優(yōu)勢，集眾家之長，提高項目完成的質(zhì)量，提高勞動生產(chǎn)率。

（3）各部門人員的不定期的組合有利于信息交流，增加互相學習機會，提高專業(yè)管理水平。

單純的矩陣結(jié)構(gòu)在實踐中被改良。很多公司修改了矩陣式組織來更有效的協(xié)調(diào)多項目，比如分化型矩陣組織（Differentiated Matrix） 。

公司分析項目間共享組件或子系統(tǒng)的關(guān)系，靈活的成立不同的小組，比如圖1中，項目A和B用到的功能II本質(zhì)上是一樣的，C和D也是如此，所以在職能部門II中成立兩個團隊，一個為項目A和B工作，另一個為C和D；另一方面，在職能部門III，C和D沒有共享組件，就分別為它們成立單獨的小組。分化型矩陣組織為傳統(tǒng)的職能和項目型組織提供了平衡。

矩陣制組織是為了改進直線職能制橫向聯(lián)系差，缺乏彈性的缺點而形成的一種組織形式。它的特點表現(xiàn)在圍繞某項專門任務成立跨職能部門的專門機構(gòu)上，例如組成一個專門的產(chǎn)品（項目）小組去從事新產(chǎn)品開發(fā)工作，在研究、設計、試驗、制造各個不同階段，由有關(guān)部門派人參加，力圖做到條塊結(jié)合，以協(xié)調(diào)有關(guān)部門的活動，保證任務的完成。

這種組織結(jié)構(gòu)形式是固定的，人員卻是變動的，需要誰，誰就來，任務完成后就可以離開。項目小組和負責人也是臨時組織和委任的。任務完成后就解散，有關(guān)人員回原單位工作。因此，這種組織結(jié)構(gòu)非常適用于橫向協(xié)作和攻關(guān)項目。

矩陣組織結(jié)構(gòu)一般是指公司與機構(gòu)的人員組織形式，相對于傳統(tǒng)的樹形組織結(jié)構(gòu)而言。矩陣式組織(matrixorganization)即“在一個機構(gòu)之機能式組織型態(tài)下，為某種特別任務，另外成立專案小組負責，此專案小組與原組織配合，在型態(tài)上有行列交叉之式，即為矩陣式組織。”

在組織結(jié)構(gòu)上，它是把職能劃分的部門和按產(chǎn)品（項目）劃分的小組結(jié)合起來組成一個矩陣，一名管理人員既同原職能部門保持組織與業(yè)務上的聯(lián)系，又參加項目小組的工作。職能部門是固定的組織，項目小組是臨時性組織，完成任務以后就自動解散，其成員回原部門工作。